A Mario Kart: Super Circuit-ban öt játékmód van, a jól ismerteken kívül egy új lehetőség van. Többjátékos módban két lehetőség van játszani: Vagy úgy, hogy csak az egyik játékosnak van meg a játék (egykártyás módszer), vagy úgy, hogy mindenkinek külön-külön (Többkártyás módszer). Itt debütál először a rangrendszer, melynek igen kemény feltételei vannak.

Grand Prix

Bajnokság egy, vagy kétjátékos módban játszható. Az alapszabályokban szinte semmi változás nincs az előzőekhez képest. Ugyanúgy négy pálya van egy kupában, ugyanúgy nem mehetünk tovább, ha ötödik, vagy rosszabb helyen végeztünk, sőt, ismét életet számol a gép, mint a Super Mario Kart-ban. Visszatértek az érmék is, de most sokkal nagyobb szerepük van, mint a SNES-es Mario Kart-ban. Ugyanis itt vezették be a  mára jól bevált rangrendszert, és sokat számít, hogy mennyi érmét sikerült összegyűjteni összességében. A pontozás nem változott, ugyanúgy 9 pontot kap az első helyezett, és nem kap pontot, aki nem továbbjutó helyezést ér el. Amikor ketten játszunk, ugyanúgy elég csak az egyik versenyzőnek negyedik, vagy jobb helyen végezni, és mind a ketten továbbjutnak, bár aki rosszabb helyet ér el, az itt is elveszít egy életet. Ugyanaz a három nehézségi szint (köbméter) jellemzi ezt a Mario Kart-ot is, mint az előzőt: 50cc lassú, és ellenfelek nem támadnak, 100cc már gyorsabb, ellenfelek jobban támadnak, és 150cc már igazán gyors, ellenfelek agresszíven, és erős fegyverekkel vesznek célba minket.

Rangrendszer

Attól függően, hogy teljesítettünk a bajnokság alatt, kapunk egy minősítést, mely A-E valamint 1-3 csillag közötti lehet. Ez függ attól is, hogy mennyi idő alatt teljesítünk egy pályát, hány pontot gyűjtünk össze, és hány érmét veszünk fel a pályákon. A következő kritériumoknak kell megfelelni:

• Három csillag: 36 pontot kell összegyűjteni, a legjobb Time Trial időknél is jobban kell teljesíteni, valamint legalább 130 érmét kell összegyűjteni. (Az extra pályákon legalább 150 érme szükséges)
• Két csillag: 36 pontot kell öszegyűjteni, és körülbelül 130 érmét összeszedni.
• Egy csillag: 36 pontot kell összegyűjteni, és legalább 100 érmét összeszedni.
• A-kategória: 36 pontot kell összegyűjteni.
• B-kategória: 30 pontot kell összegyűjteni.
• C-kategória: 25 pontot kell összegyűjteni.
• D-kategória: 20 pontot kell összegyűjteni.
• E-kategóia: Aki nem gyűjt ösze 20 pontot.

Time Trial

Egyjátékos módban ismét gyakorolhatunk egyedül. Érdekesség, hogy bár elmenti a legjobb 5 időt a gép, de vannak előre beprogramozott szellemidők, melynek legjobbját mindig nem könnyű elérni. Ha sikerül, akkor elmenthetjük a saját szellemadatunkat, és bármikor újra versenyezhetünk vele. Ez az adat már elemes memóriába kerül, tehát semmilyen extra kiegészítőre nincs szükség. A gép szellemidejei között 30 másodpercnyi különbség van. Maximum 10 szellemadatot ment el a gép, és más játékos szellemadatait is elmenthetjük, ha Link Kábellel összekapcsoljuk a kézikonzoljainkat.

Quick Race

Újdonság, és maradt Game Boy Advance-exkluzív ez a játékmód. A Nintendo felimerte, hogy a Time Trial csak arra alkalmas, hogy az adott pályán megtaláljuk az ideális ívet, de ez nem minden, ha élesben akarunk versenyezni. Ezért újabb játékmódot kapunk egyjátékos módban, a Quick Race-t, ahol mind a nyolcan versenyzük bajnokság-szerűen. A különbség annyi, hogy csak egy pályára szól egy menet, de bármennyit mehetünk, és a pályákat szabadon választhatjuk ki, úgy ahogy karaktereket, és nehézségi szintet is. Pontokat nem számol a gép, viszont ellenfeleink itt is keményen támadnak ránk.

VS

Többjátékos verseny, mind egy-, mind többkártyás módszerrel lehet játszani. Többkártyás (tehát mindenkinek megvan a játék, és csatlakoztatva van a gépéhez) játék esetében szabad a vásár, mindenki magának választ karaktert, pályát. Úgy is lehet játszani, hogy csak az egyiknek van meg a játék, de akkor korlátozottak a lehetőségeink. Például mindenki csak Yoshival játszik, és csak a SNES Mushroom Cup pályái közül lehet választani. Annyit játszunk, amennyit csak szeretnénk, és számolja, hogy ki hányszor nyert.

Battle

A Battle Mode-ot csak többkártyás módszerrel lehet játszani. A játékszabályok ugyanazok, mint eddig: Adott három léggömb, feladatunk az ellenséget minél többször támadni, így elveszít egy léggöböt. Aki elveszti az összeset, az elvesztette a játékot, és három vagy négyjátékos mód esetén Bob-omb-bá változik. Ezalatt bárkit felrobbanthat. Itt is pontozza a gép, hogy ki hányszor nyert.